La Scuola è stata istituita con Decreto del Presidente della Repubblica n. 524 del 20 Luglio 1979, modificato con Decreto del Presidente della Repubblica n. 1050 del 31 Ottobre 1981 per la formazione degli operatori scientifici del patrimonio culturale.

La nascita di nuove Scuole di Specializzazione o di Perfezionamento, nel corso degli anni ’60 e ’70, e la mancanza di precise norme di legge aveva creato una situazione caotica a cui cercò di far fronte il D.P.R. 162 del 10 Marzo 1982 con la formulazione di una tipologia nazionale, alla quale le varie Scuole dovevano, entro un termine fissato, uniformare i propri statuti.

Nel D.P.R 162 le Scuole avevano “lo scopo di approfondire la preparazione scientifica e l’addestramento tecnico-pratico nel campo delle discipline archeologiche e di fornire le competenze professionali finalizzate alla tutela, conservazione e valorizzazione del patrimonio archeologico”. Tra le più valide disposizioni, quella del limite massimo di quattro anni per conseguire il diploma riusciva ad impedire una organizzazione di studi in cui non era previsto un limite al fuori corso e si poteva discutere la tesi anche dopo 10 anni dall’ultimo esame sostenuto. La lunga trafila relativa alla modifica di statuto per il riordino delle Scuola di Specializzazione in Archeologia si concludeva con la pubblicazione sulla Gazzetta Ufficiale del D.R. del 13 Maggio 1991 (Università di Lecce) in cui si fissava  in tre anni la durata del corso di Specializzazione, consentendo la ripetizione dello stesso anno di corso una sola volta; inoltre si articolava la didattica in dieci esami ripartiti nell’arco dei tre anni.

Nel quadro della Riforma della didattica universitaria , il Regolamento-Quadro (D.L. n. 509 del 3.11.1999) prevedeva l’abolizione dei corsi di specializzazione universitari che non fossero istituiti con specifiche norme di legge, a livello nazionale o europeo. Di fronte alla conseguente automatica disattivazione delle Scuole nel settore dei Beni Culturali, che avrebbe impedito un livello di formazione successivo alla laurea quinquennale, si manifestarono numerose perplessità e prese di posizione, in particolare da parte della Consulta Universitaria per l’archeologia del mondo classico. Con la legge n. 29, art. 6 (23 Febbraio 2001) si ottenne l’istituzione delle Scuola di Specializzazione nel settore della tutela, gestione e valorizzazione del patrimonio culturale. Le università avrebbero dovuto deliberare gli ordinamenti didattici di queste Scuole “sulla base di criteri predeterminati con decreto del Ministro dell’Università e della Ricerca scientifica e tecnologica, di concerto con il Ministro per i Beni e le attività culturali”. Tale percorso si concludeva con l’emanazione del D.M. del 31 Gennaio 2006: “Riassetto delle Scuole di specializzazione nel settore della tutela, gestione e valorizzazione del patrimonio culturale”.

Con D.R. del 17 dicembre 2007 l’Università del Salento emanava l’ordinamento didattico della Scuola di specializzazione in Beni Archeologici che poteva attivare, tra le prime in Italia, nelll’Anno Accademico 2007-2008, il curriculum Archeologia classica. Nelll’A.A. 2008-2009 è stato attivato il curriculum Preistoria e protostoria e nel corrente A.A. 2009-2010 quello di Archeologia tardoantica e medievale. Il nuovo regolamento didattico tiene conto della necessità di formare figure professionali nuove nel settore del patrimonio culturale, fissando tra gli obiettivi formativi una più articolata formazione interdisciplinare ed una maggiore attenzione alle scienze applicate ed all’economia gestionale.

Il nuovo ordinamento didattico fissa la durata del corso in due anni (più l’eventuale ripetizione di un solo anno) e inserisce coerentemente il percorso post lauream delle scuole di specializzazione nell’articolazione dei corsi universitari fissata dal D.M. n. 509 del 3 Novembre 1999 (laurea triennale più biennio specialistico).

Il diploma di specializzazione è conferito dopo il superamento di una prova finale che consiste nella discussione di un elaborato con caratteri di progetto scientifico-professionale (tesi di specializzazione), con giudizio che tiene conto anche delle valutazioni riportate negli esami annuali, nonché dei risultati delle eventuali valutazioni periodiche.