La prima sede istituzionale (direzione e segreteria) fu collocata in una piccola stanza al I piano dell’attuale Palazzo Codacci Pisanelli a Porta Napoli. Le lezioni si svolgevano nelle aule normalmente utilizzate per i corsi di laurea, nello stesso edificio ed a Palazzo Casto, in Viale degli Studenti (oggi via Galasso), ormai dismesso dall’Università, dove erano collocati i Laboratori del settore archeologico e la sede del Dipartimento di Scienze dell’Antichità (poi di Beni Culturali). Nel 1994, tutto il settore storico-archeologico e quindi anche la Scuola si sono trasferiti nell’attuale sede di Via Dalmazio Birago 64, dove è appena stata realizzata anche una nuova sede del Dipartimento di Beni Culturali.
Gran parte delle attività didattiche ordinarie si svolgono nell’edificio di via Birago dove ha sede la Direzione della Scuola e la grande aula dedicata a Giuliano Cremonesi

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Il Convento dei Domenicani a Cavallino

Nel 2003, in seguito ad una Convenzione stipulata tra l’Università e il Comune di Cavallino, fu stabilita una sede istituzionale della Scuola al piano terra del Convento dei Domenicani di Cavallino. La sede ospita gli eventi più significativi organizzati dalla Scuola. Vi si sono svolti sinora le inaugurazioni degli ultimi anni accademici nonché vari workshop, convegni internazionali, seminari e conferenze di particolare rilievo.
L’edificio fu costruito nella prima metà del ‘600 per volere del marchese Francesco Castromediano e della consorte Beatrice Acquaviva d’Aragona. Nei secoli successivi fu oggetto di numerosi interventi che ne modificarono parzialmente la planimetria e la struttura, finché, cessata la sua funzione conventuale, fu utilizzato nel corso del ‘900 come deposito di tabacco. Con i fondi del Giubileo del 2000, il Comune di Cavallino ne ha promosso un impegnativo restauro che ha restituito all’edificio il suo attuale pregevole aspetto.